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一年战争终结七个月后的地球。吉翁公国军的残党组织，为了将现在作为共和国的本国复辟为公国而继续着战争。战争末期，在雷霆宙域全歼摩尔同胞团舰队的高机动精神力扎古的驾驶员——达利尔.洛伦兹，在失去了MS后降下地球，作为残党军的一员，负责针对联邦内部的军阀派系和南洋同盟的谍报任务。另一边，曾与达利尔展开死斗的伊奥被提拔为试作型MS——阿特拉斯高达的驾驶员，并被派遣往地球。新的战场，是留有殖民地坠落的伤痕的澳洲大陆的南洋……。

【本片为时长26分钟的完全版】在宇宙世纪0096的后半，地球联邦政府感觉「精神感应骨架」的存在会成为威胁，所以命令隶属于直辖情报部的梅米特·梅鲁加中尉组织特殊部队「莫斯提马」，执行潜入地球圈漂流的小行星「阿克西斯」所分裂出来的其中一边，并进行调查。与梅米特同行的调查队队员中，有曾经在吉翁公国和新吉翁担任技师和测试驾驶员的艾鲁丽特·马里亚热和丹顿·哈力古这两位平民。潜入了阿克西斯的调查队在应该不会有人的基地内受到私人军队「巴纳姆」的新型「高达」的袭击。在这期间，艾鲁丽特将某个「思念」藏于心里，走向遗留在阿克

某日早晨，普通的女子高校生・源内青收到一个神秘包裹。打开后发现里面放了名为FRAME ARMS GIRL的完全自律型小型机器人『轰雷』。是玩具!还是塑胶拼装模型!但是轰雷不仅仅是FRAME ARMS GIRL。而是搭载了在通常的人工智能以上，拥有高度人格的人工自我——AS（Artificial Self）的最新型试作机。

宇宙世纪0079年，就连宇宙都变成了人类的战场。势如破竹的吉翁军进行了导致世界人口半数死亡的不列颠作战（殖民星坠落）。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势以压倒性战力来对抗。萨比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的雪拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连在SIDE 7 平稳过日的阿姆罗和芙劳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾……。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的「鲁姆会战」即将展开。